人間が生きていくためにはタンパク質が欠かせませんが、みそにはそのタンパク質、とくに良質なタンパク質がたくさん含まれています。

これらのタンパク質は、人間の身体に摂取されると、消化酵素によりアミノ酸に分解され、最終的には単体のアミノ酸となって体内に吸収されます。

人間はそれらのアミノ酸から必要なものを取って、組み合わせ、自分の身体に必要なタンパク質を合成していきます。

そのアミノ酸の中にどうしても必要で、他のアミノ酸で代用できないものが９種類あります。その９つのアミノ酸のことを必要アミノ酸、または欠けてはならないアミノ酸という意味で、不可欠アミノ酸ともいいます。

動物性食品の牛乳、卵、肉などには、この９種類のアミノ酸が人間にとって望ましい割合で含まれていて、人間がそのまま効率よく利用できます。それをアミノ酸価が１００といいます。

みその材料である大豆は、大豆油が採れることでもわかるように脂肪が多く、約２０％も含まれています。製品の豆みその脂肪の含有率は約１０％です。米みそや麦みその麹に使われている米や麦にはもともと脂肪が少ないのですが、精白して使うためにさらに含有率は少なくなります。麦、米みそは、３％から６％で、これは配合する大豆の割合によって異なってきます。

脂肪は脂肪酸でできていますが、脂肪酸の中の不飽和脂肪酸は植物油や魚油に多く含まれ、血中のコレステロール値を下げる働きをもっています。

炭水化物はデンプン、糖類、食物繊維の総称です。みそつくりの麹に使う米、麦はデンプンが主成分ですが、大豆には含まれていません。デンプン（澱粉）は水に沈殿する粉ということから名づけられ、ブドウ糖が約５００個つながって出来た物質です。

みそが発酵する過程で、デンプンの多い米麹や麦麹は分解酵素で分解されて、一部はブドウ糖にまでなります。そのため、米麹や麦麹の配合割合が大きいみそほど甘いみそになるのです。